贲门癌的鉴别诊断包括贲门痉挛（贲门失弛缓症）、食管下段慢性炎症导致的狭窄，以及贲门部消化溃疡等。贲门痉挛病例的临床特点是年轻、病史长、吞咽困难病史长，但仍能保持中等的健康状况。X线食管造影可见对称光滑的贲门上方漏斗形狭窄及其近侧段食管高度扩张。

下段食管炎常伴随有裂孔疝及胃液反流，病人有长期烧心反酸史，体态多矮胖，炎症时间长引发瘢痕狭窄，出现吞咽障碍。X线钡餐表现下段食管贲门狭窄，粘膜可以不整，食管镜检查见到炎症肉芽和瘢痕，肉眼有时与癌不易区分。反复多点活检如一直为阴性结果，可以确诊。